本人为小型建筑企业，最终纳税价格为3%，是否扣

结算时是否扣除6%税需依据合同及税法规定。分析：作为小型建筑企业，在投标时明确了一般纳税人税率为9%，但实际纳税时税率为3%，这中间的税率差异可能涉及税收优惠政策或特定合同条款。根据税法原则，企业应按照实际发生的税率进行纳税，并在结算时进行相应的税务处理。若合同中有明确约定税率差异的处理方式，则按照合同约定执行；若无明确约定，则需根据税法规定及税务部门的要求进行处理。提醒：若结算时出现税率争议，或税务部门对企业的税务处理提出异议，表明问题可能比较严重，应及时寻求专业税务律师的进一步解决。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫
处理方式：从法律角度看，处理此类税率差异问题，主要有以下几种方式：一是依据合同条款进行协商处理；二是向税务部门咨询并遵循其指导进行处理；三是若涉及争议，可申请税务行政复议或提起税务行政诉讼。选择方式时，应优先考虑合同约定的解决方式，若合同无约定或约定不明确，则应及时向税务部门咨询，并遵循其指导意见。若税务部门无法给出明确答复或处理意见，且争议较大，可考虑申请税务行政复议或提起税务行政诉讼。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫
具体操作：1.若合同中有明确约定税率差异的处理方式，如按实际税率结算或调整结算金额等，则应按照合同约定执行，并确保相关凭证的完整性和准确性。2.若合同无约定或约定不明确，企业应及时向税务部门咨询，了解税法规定及税务部门的处理意见，并按照其要求进行相应的税务处理。同时，企业应保留好相关凭证和资料，以备税务部门核查。3.若涉及争议且无法通过协商或税务部门指导解决，企业可申请税务行政复议。在复议过程中，企业应提供充分的证据和材料，证明自己的税务处理是符合税法规定的。若复议结果仍不满意，企业可考虑提起税务行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，企业应咨询专业税务律师或法律顾问的意见，以确保自己的诉讼行为合法合规。